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Do DesktopBSD para o FreeBSD? Além é claro de por padrão ja ter uma interface gráfica..

O DesktopBSD usa o FreeBSD como base, ao contrário de outros sabores que seguiram a direção do fork. As diferenças não são significativas, ou até nulas.

vlw

Na minha opinião, a diferença significativa vai ser na hora da instalação. O PCBSD ja vem com todos os pacotes e praticamente pronto para a instalação e o FreeBSD você vai ter que instalar o xorg o kde4 e tudo o que for necessario. Então a principal diferença é a customização na hora da instalação e o tempo de instalação.