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Eu notei que no ports há a categoria portugues, porém não consigo instala-la. Existe outra forma de deixar em portugues? Grato

As aplicações que você instalar precisam ter o suporte para português, como o KDE, por exemplo. Na categoria português você vai encontrar ferramentas específicas para essa linguagem, como o dicionário para correção ortográfica.

Mas se caso eu instalar o suporte a lingua ali nos ports ele vai alterar em todo o sistema?

Não, apenas para as ferramentas as quais ele se destina. Se você instalar o suporte para pt_BR do Firefox (é um exemplo, não sei se tem um port para isso), ele afetará apenas o Firefox. O sistema base, ou seja, os manuais, a ajuda, saídas de erros e outras mensagens, não tem tradução, elas são em inglês mesmo. É muito custoso manter traduções atualizadas de partes que mudam constantemente e por isso não se faz esse trabalho para português.